该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!