故事中地球已经毁灭，变成一切都用齿轮与发条加以重现、再度建构的世界。主人公见浦直人是个成绩吊车尾的高中生，某一天突然有个黑色箱子坠落在他家里，箱子里头是一具自动人偶少女。在崩毁与残存之间来回反覆，被改造的世界与不变的人类，当理想与现实产生剧烈冲突之时，直人与机械少女琉珠，以及天才少女玛丽·蓓儿·布雷盖与拜涅·哈塔的两场相遇，推动了命运的齿轮。